Mittlerweile hab ich Herausgefunden, dass bei mir nur bestimmte sachen "ersetzt" werden. Diese Busse/Karten hab ich einfach umbenannt und die entsprechenden Pfade angepasst, somit ich nur das "doppel" quasi löschen muss. Bearbeitere Karten und Busse tragen fortan einfach nur den beinamen "_Modded". und mit der Filterfunktion im Explorer, nach datum zu ordnen kann ich die "neuen" Downloads mittlerweile einfacher finden.
Also falls jemand das gleiche Problem hat, was dem thread nach doch einige sind wenn nicht sogar alle, kann ich meine vorgehensweise nur ans Herz legen.