Moin!
zumindest meine Version 7.0 von JoyToKey macht auch manchmal solche Sachen, wenn ich Joysticks oder so an und abstecke.
JoyToKey zählt die angeschlossenen Geräte und die Tasten sind dann dem 2., dem 3. usw. Gerät zugeordnet.
Wenn man die Anzahl der angeschlossenen Joysticks verändert, dann wandert nicht der Eintrag mit, sondern es wird ein neuer Platz zugewiesen.
Beispiel:
Nr. 1 - Sidewinder (ohne Belegung)
Nr. 2 - Hori Lenkrad (mit Belegung)
Nr. 3 - Hori Schalteinheit (ohne Belegung)
Wenn nun der Sidewinder entfernt wird sieht es so aus:
Nr. 1 - Hori Lenkrad (ohne Belegung)
Nr. 2 - Hori Schalteinheit (mit Belegung)
Nr. 3 - nichts (ohne Belegung)
Damit funktionieren die Keys dann im Spiel nicht mehr.
Vielleicht ist das bei dir ja ähnlich.