Ob man jetzt Groß- oder Kleinbuchstaben nimmt ist meiner Meinung nach Geschmacks- bzw. Gewöhnungssache.
In jedem Fall würde ich aber empfehlen, sich für eins vollständig zu entscheiden. Sonst hat man immer das Problem, I (großes I) und "l" (kleines L) kaum auseinanderhalten zu können. 
Wobei ich bei Zielen die etwas Abweiche und nach Möglichkeit den Stadtteil vorziehe mit kleinem Anhängsel falls es da unterschiedliche Endhaltenstellen gibt.
Ich hatte auch immer tendenziell die Angst, dass drei Buchstaben zu wenig sind und es schnell zu Kollisionen zwischen Abkürzungen kommt, das klappt zumindest bei mir bisher erfahrungsgemäß immer ganz gut.
Allerdings bin ich bei der genauen Wahl der Abkürzung dann auch etwas flexibler. Wenn jetzt z.B. "SB", was ich für "Schönberg" genommen hätte, schon durch etwas anderes belegt ist, nehme ich für Schönberg halt "SG" oder "SC". Wichtig ist nur, dass man das einmal dauerhaft festlegt. Wenn man viel damit arbeitet, hat man die meisten Kürzel dann ja so oder so im Kopf.
Steigbezeichnungen nutze ich natürlich auch, aber nur wo nötig, zum Beispiel an einem Hauptbahnhof oder ZOB, aber da auch nur wenn es variiert. Wenn eine Linie immer nur den Gleichen Steig nutzt vermeide ich es zusätzlich zu benennen. Bin aber hier leider recht inkonsequent;-)
Da bin ich mir auch nach wie vor unsicher, wie ich das am besten mache. In jedem Fall nutze ich Steigbezeichnungen auch nur dann, wenn es eben wirklich mehrere mögliche, benannte Steige an der jeweiligen Haltestelle gibt. Eine Zeit lang hatte bei mir dann aber auch ihre Linie ihren "Standardsteig" und nur Abweichungen werden explizit genannt. Das führt allerdings dazu, dass ich erst mal von diversen Linien im Zweifelsfall den Standardsteig im Kopf haben oder nachgucken muss. Mittlerweile versuche ich aber auch, bei Haltestellen, die mehrere Steige haben, den Steig immer anzugeben. Es ist dann doch einfach klarer und einheitlicher.
Ein Ähnliches Problem sehe ich auch noch bei den Linienwegangaben ("via xy").
Grundsätzlich versuche ich eben immer, dass die meist vorkommende "Standardroute" einen möglichst kurzen Namen hat. Wenn beispielsweise im Normalfall ein direkter Linienweg gefahren wird und nur zeitweilig noch ein Schlenker mitgenommen wird, ist es recht klar. Da heißt die Hauptfahrt dann einfach 001_AAA-BBB und die mit Schlenker 001_AAA-BBB_vCCC.
Ein Problem hat man dann allerdings, wenn die Schlenkervariante die Standardfahrt ist.
Ich erinnere mich, mal einen Trip 21_NSW-KSM_oHTS genannt zu haben, für "von Nordspitze, Warthersee nach Kaisersee, Markt aber ohne (bzw. "nicht über" Herzt, Schule), da die Fahrt über die Schule eigentlich der Standardfall war und diese kleine Stichfahrt nur spätabends weggelassen wurde. Ich halte es rückblickend aber auch eher für verwirrend und würde es jetzt so nicht mehr machen.
Jetzt würde ich empfehlen, einfach immer direkte Fahrten ohne diese Angabe zu benennen und bei zusätzlichen Halten diese eben anzugeben - völlig unabhängig davon, was der häufigere Fall ist. Ganz nach dem KISS-Prinzip ("Keep it simple, stupid")
Für Außenstehende mag diese ganze Diskussion und diese Überlegungen eh etwas absurd klingen, da kann ich mich aber wirklich extrem hieinsteigern, wenn ich will. 
Aber man muss halt sehen was eben sinnvoll für eine Karte ist. Ziel ist auch dass man sehr schnell erkennt was der Trip darstellt. Und bloss nicht durcheinander kommen mit Leerzeichen, Unterstrichen etc, sonst wird es komisch sortiert. Immer einheitlich bleiben.
Das ist nämlich der Knackpunkt. Grundsätzlich gibt es immer verschiedene Möglichkeiten und Systeme, die alle ihre Vor- und Nachteile haben und sich nicht absolut "ranken" lassen, da es hier, wie du schon sagst, natürlich auch immer auf die Rahmenbedingungen ankommt.
In jedem Fall ist halt entscheidend, dass man sich für ein System entscheidet, es klar definiert und sich konsequent daran hält und nicht "mal so, mal so macht". Dann gibt es nämlich, sobald das Projekt wächst, ein großes Chaos.
Fakt ist ja auch dass die Trip-Namen nur im Editor eine Rolle spielen [...], außer das Script eines Druckes braucht es für irgendwas. Aber dann ist man eh daran gebunden...
Und selbst das ist ja meines Wissens nach garnicht möglich. Es geht hier eigentlich wirklich nur um die eigene Übersicht.
Aber gerade die ist, wie bereits mehrfach erwähnt, bei großen Projekten und komplexen Linienverläufen von enormer Bedeutung.